Największe i najbardziej prestiżowe maratony na świecie zawsze angażują się w działania charytatywne. Imprezy Fundacji Maraton Warszawski po raz pierwszy związały się z działaniami charytatywnymi w 2004 roku. W przeddzień Maratonu Warszawskiego zorganizowano wówczas bieg, podczas którego zbierano pieniądze na leczenie Barbary Szlachetki, wybitnej biegaczki walczącej z chorobą nowotworową.
W 2006 roku Fundacja nawiązała współpracę z Fundacją Krewniacy. Podczas Warszawskiego Festiwalu Biegowego zorganizowana została kwesta na autobus do poboru krwi im. Jana Pawła II. Wynikiem akcji było zebranie ponad 2,6 tys. złotych oraz ponad 16 litrów krwi.
W 2007 roku dochód z akcji charytatywnych został przeznaczony na realizację marzeń trzech nieuleczalnie chorych chłopców – podopiecznych Fundacji Dziecięca Fantazja. Podczas Warszawskiego Festiwalu Biegowego odbył się bieg charytatywny Herbalife Run oraz aukcja gadżetów sportowych skierowana do sponsorów i partnerów imprezy. Dodatkowo firmy uczestniczące w programie „Firma przyjazna bieganiu” otrzymały propozycję przekazania dowolnie określonej kwoty za każdy kilometr przebiegnięty podczas imprezy przez swoich pracowników. Akcja umożliwiła spełnienie marzeń 16-letniego Konrada z Pabianic oraz 14-letniego Kamila z Rawy Mazowieckiej, którzy pragnęli obejrzeć mecz FC Barcelony z trybun stadionu Camp Nou oraz 14-letniego Pawła z Nowego Sącza, który chciał pojechać w Alpy na Lodowiec.
7 września 2008 roku odbył się „Wyścig Szczurów” - bieg charytatywny na rzecz Fundacji Sue Ryder. Na linii startu pojawili się przedstawiciele warszawskich firm oraz służb mundurowych. Zadaniem 4-osobowych drużyn były pokonanie 3 kilometrowej trasy w strojach służbowych. Była to pierwsza tego typu impreza biegowa w Polsce. Celem imprezy było zebranie pieniędzy na Fundusz „Pierwszy krok” wspierający młodych ludzi, którzy – np. w wyniku skoku do wody lub wypadku drogowego – mają uszkodzony kręgosłup i są zmuszeni do poruszania się na wózku inwalidzkim.
Podczas 30. Flora Maratonu Warszawskiego firmy biorące udział w programie „Firma przyjazna bieganiu” po raz kolejny mogły zadeklarować kwotę za każdy kilometry przebiegnięte przez swoich pracowników. Wynikiem akcji było zebranie 24 tys. złotych na rzecz Fundacji Serce, działającej dla dzieci i młodzieży potrzebujących społecznego wsparcia.